Năm 1962, Khoa Thuỷ sản được tách ra từ trường Trung cấp Nông lâm Trung ương và thành lập trường Trung cấp Thuỷ sản Trung ương, đóng tại thị trấn Văn Điển, huyện Thanh Trì, thành phố Hà Nội.
Năm 1964, Trường Trung cấp Thuỷ sản Trung ương sáp nhập với Trường Trung cấp Thuỷ sản Hải Phòng thành Trường trung cấp Thuỷ sản Trung ương II-Trực thuộc Tổng cục Thuỷ sản, đóng tại xã Tân Dương, huyện Thuỷ Nguyên, Hải phòng, theo Quyết định số 128 TS/QĐ ngày 23/3/1964
Sau 50 năm xây dựng và trưởng thành Trường Cao đẳng Thuỷ sản (Nay là trường Cao đẳng Kinh tế, Kỹ thuật và Thủy sản) đã dần đi vào thế phát triển theo hướng ổn định và bền vững, tạo đà để tiếp tục phát triển thành một trường Đại học đa cấp học, đa ngành học, đáp ứng yêu cầu của nền kinh tế thị trường và hội nhập kinh tế quốc tế. Từ thời kỳ đầu giai đoạn 1962-1970, nhà trường chỉ có 1 cấp đào tạo, đến nay Trường đã có 4 cấp đào tạo với hơn 10 ngành học.
