Tháng 9 năm 1991 tỉnh Hà Tĩnh tái thành lập từ tỉnh Nghệ Tĩnh. Giai đoạn này hệ thống y tế của Hà Tĩnh còn nhiều bất cập, với 9% số xã chưa có Y sĩ, trên 30% số xã chưa có Hộ sinh, các phòng khám đa khoa khu vực, phòng khám liên xã và bệnh viện tuyến huyện đa số xuống cấp thiếu nhân lực phục vụ, bệnh viện đa khoa Tỉnh đang trong quá trình xây dựng.
Trước thực trạng đó, theo đề nghị của Sở Y tế Hà Tĩnh ngày 04/4/1992, UBND Tỉnh đã ra quyết định số 345/QĐ-UB (Về việc thành lập trung tâm đào tạo và bổ túc cán bộ Y, Dược thuộc Sở Y tế). Bác sĩ Phan Văn Lịch được cử làm giám đốc Trung tâm. Thời kỳ 1992 – 1994 Trung tâm có 18 cán bộ và giáo viên với chức năng nhiệm vụ chủ yếu: Tập huấn, đào tạo lại nhân viên y tế theo các chương trình y tế quốc gia, chưa triển khai đào tạo mới nhân lực y tế. Trên cơ sở trung tâm bồi dưỡng đào tạo cán bộ của ngành, do nhu cầu bổ sung và bồi dưỡng cán bộ y tế địa phương. Được sự đồng ý của Bộ Y tế – Bộ Giáo dục và đào tạo, ngày 8 tháng 9 năm 1994 Chủ tịch UBND tỉnh Hà Tĩnh quyết định thành lập Trường Trung học Y tế Hà Tĩnh. Với chức năng nhiệm vụ của Trường: Đào tạo mới, đào tạo lại, bồi dưỡng cán bộ y tế của ngành theo định hướng của Bộ Y tế và nhu cầu thực tế của địa phương.
