Trường Cao đẳng Y tế Đặng Văn Ngữ (dưới đây gọi tắt là Trường) trực thuộc Viện Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng Trung ương, đặt dưới sự quản lý, chỉ đạo, điều hành trực tiếp của Viện trưởng Viện Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng Trung ương; chịu sự quản lý nhà nước về chuyên môn nghiệp vụ của Bộ Y tế; chịu sự quản lý nhà nước về giáo dục của Bộ lao động Thương binh và Xã hội, Tổng cục giáo dục nghề nghiệp; chịu sự quản lý hành chính theo lãnh thổ của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội theo quy định của pháp luật. Trường nằm trong hệ thống các trường trung cấp chuyên nghiệp của cả nước.