Trường Cao đẳng Y tế Phú Yên có lịch sử trên 50 năm, với tiền thân là đơn vị đào tạo cán bộ y tá phục vụ cho chiến trường kháng chiến chống Mỹ cứu nước trong những năm 60. Đến năm 1989, tỉnh Phú Khánh tách thành 2 tỉnh Phú Yên và Khánh Hoà, trường là cơ sở đào tạo cán bộ y tế cho các tuyến y tế trong tỉnh Phú Yên. Năm 1991 được UBND tỉnh Phú Yên ra quyết định thành lập trường Trung học Y tế Phú Yên. Trường không ngừng phấn đấu và phát triển mọi nguồn lực, đã có nhiều thay đổi về mục tiêu, chương trình. Tháng 2 năm 2014, trường được Bộ Giáo dục và Đào tạo ra quyết định nâng cấp thành trường Cao đẳng Y tế Phú Yên.