Trường Đại học Y khoa Sài Gòn (tên thường gọi là Y khoa Đại học đường Sài Gòn) được thành lập năm 1947. Nó được xem như một phân hiệu của trường Y khoa Hà Nội được lãnh đạo bởi Hiệu trưởng là GS. C.Massias.
Vào 31/8/1961, Y Dược Đại học đường Sài Gòn được phân chia thành 2 trường là Y khoa Đại học đường Sài Gòn và Dược khoa Đại học đường Sài Gòn. Đến 12/8/1962, Ban Nha khoa thuộc Y khoa Đại học đường Sài Gòn trở thành Nha khoa Đại học đường Sài Gòn. Cả 3 trường hoạt động độc lập trong Viện Đại học Sài Gòn.
