Trường Đại học Phú Xuân được thành lập bởi Hội Khuyến học Thừa Thiên – Huế ngày 11/7/2003, theo Quyết định số 140/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ
Năm 2018, Trường Đại học Phú Xuân được nhận đầu tư của Tổ chức giáo dục Hoa Kỳ (IAE) và trở thành thành viên của tổ chức này, đồng thời có sự thay đổi về chủ sở hữu và hiệu trưởng. Kể từ năm 2018, TS. Đàm Quang Minh trở thành Chủ tịch Hội đồng Quản trị kiêm Hiệu trưởng của Trường Đại học Phú Xuân
